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磁控溅射系统的作业原理是指电子在电场E的作用下，在飞向基片进程中与氩原子产生磕碰，使其电离产生出Ar正离子和新的电子；新电子飞向基片，Ar离子在电场作用下加速飞向阴ji靶，并以高能量炮击靶表面，使靶材产生溅射。在溅射粒子中，中性的靶原子或分子堆积在基片上构成薄膜，而产生的二次电子会遭到电场和磁场作用，产生E（电场）×B（磁场）所指的方向漂移，简称E×B漂移，其运动轨迹近似于一条摆线。若为环形磁场，则电子就以近似摆线方式在靶表面做圆周运动，它们的运动途径不只很长，并且被束缚在接近靶表面的等离子体区域内，并且在该区域中电离出很多的Ar 来炮击靶材，然后完成了高的堆积速率。随着磕碰次数的增加，二次电子的能量消耗殆尽，逐步远离靶表面，并在电场E的作用下究竟堆积在基片上。由于该电子的能量很低，传递给基片的能量很小，致使基片温升较低。
磁控溅射系统是入射粒子和靶的磕碰进程。入射粒子在靶中经历杂乱的散射进程，和靶原子磕碰，把部分动量传给靶原子，此靶原子又和其他靶原子磕碰，构成级联进程。在这种级联进程中某些表面邻近的靶原子获得向外运动的满足动量，脱离靶被溅射出来。
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